Οι συνήθεις κλινικές ενδείξεις για τη χρησιμοποίηση της τεχνικής αυτής προς το παρόν, είναι οι κάτωθι:
Η τεχνική της ενδοσκοπικής κάψουλας, είναι μια κατ’ εξοχήν ασφαλής και μη επώδυνη μέθοδος ελέγχου του λεπτού εντέρου, η οποία στα χέρια ενός έμπειρου ενδοσκόπου – γαστρεντερολόγου, μπορεί να έχει σημαντική διαγνωστική αξία.
Αν και οι επιπλοκές από αυτή τη μέθοδο είναι σπάνιες, σε δυο κατηγορίες ασθενών, η κάψουλα μπορεί να προκαλέσει απόφραξη του αυλού του λεπτού εντέρου προκαλώντας αποφρακτικό ειλεό.
Έτσι η κάψουλα, θα πρέπει να αποφεύγεται ως πρώτη τεχνική ελέγχου του λεπτού εντέρου, στους ασθενείς όπου:
Στους ασθενείς αυτούς, μια εντερόκληση με βαριούχο υγρό θα πρέπει να προηγείται πάντοτε της αποφάσεως για τη χρήση ή όχι της ενδοσκοπικής κάψουλας.
Η ενδοσκοπική κάψουλα προς το παρόν, αποτελεί μόνο ένα διαγνωστικό εργαλείο, καθώς η παρούσα τεχνολογία σε ευρεία τουλάχιστον κλινική χρήση, δεν επιτρέπει ακόμα επεμβατικές πράξεις, όπως τη λήψη βιοψιών, καυτηριασμούς αγγειοδυσπλασιών ή ακόμη και πολυπεκτομές.
Καθώς όμως η εξέλιξη της τεχνολογίας είναι ραγδαία, πολύ σύντομα οι κλινικές εφαρμογές της τεχνικής αυτής θα είναι και επεμβατικές και κατ’ επέκτασιν θεραπευτικές.